Kondisi di mana ekosistem yang rusak aktif dipulihkan, ekosistem yang sehat terjaga, dan komunitas yang hidup bersama ekosistem tersebut memiliki kapasitas, hak, dan insentif untuk menjadi penjaganya jangka panjang.
YSII menggunakan kata “regeneratif” secara sadar dan konsisten — berbeda dari “berkelanjutan” yang sekadar berarti memperlambat kerusakan, regenerasi berarti secara aktif memulihkan apa yang sudah rusak dan membangun kembali kapasitas ekosistem untuk menyokong kehidupan. YSII juga menolak model konservasi yang mengusir komunitas dari kawasan yang dilindungi. Komunitas yang hidupnya bergantung pada ekosistem — petani, nelayan, masyarakat adat — justru adalah penjaga terbaik ekosistem itu, asalkan mereka memiliki kapasitas, hak, dan insentif yang tepat.
Program-program pada fokus ini adalah:

Budidaya Padi Ramah Lingkungan
Restorasi bentang alam berbasis komunitas. Ekosistem hutan, DAS, lahan pertanian. Implementasi kegiatannya seperti:
- Pendampingan program penanaman dan pemulihan hutan berbasis komunitas. Pembibitan lokal, penanaman, dan pemantauan partisipatif
- Fasilitasi pemetaan wilayah dan zonasi penggunaan lahan secara partisipatif sebagai dasar pengelolaan bersama
- Pendampingan pemulihan Daerah Aliran Sungai (DAS) melalui praktik pertanian dan pengelolaan lahan yang regeneratif
- Dokumentasi dan penerapan kearifan lokal dalam pengelolaan hutan dan lahan, termasuk sistem sasi, subak, dan praktik adat lainnya

Payment Ecosystem Services Rejoso
Konservasi dan pemulihan ekosistem pesisir dan laut. Ekosistem mangrove, padang lamun, terumbu karang, KKLD. Implementasi kegiatannya seperti:
- Program restorasi mangrove berbasis komunitas pesisir: pembibitan, penanaman, dan pemantauan jangka panjang yang dikelola warga
- Pembentukan dan pendampingan Kawasan Konservasi Laut Daerah (KKLD) yang dikelola dan diawasi oleh komunitas setempat
- Pendampingan pemulihan terumbu karang: transplantasi karang, pembentukan zona larangan tangkap berbasis kesepakatan komunitas
- Pelatihan pemantauan ekosistem pesisir menggunakan metode sederhana yang bisa dilakukan mandiri oleh komunitas

Payment Ecosystem Services Rejoso
Penghidupan berkelanjutan yang terintegrasi dengan ekosistem sehat. Perikanan regeneratif, agroforestri, ekowisata komunitas. Implementasi kegiatannya seperti:
- Pendampingan praktik perikanan regeneratif: pengurangan alat tangkap destruktif, penetapan musim tutup, dan rotasi area tangkap berbasis kesepakatan lokal
- Pendampingan sistem agroforestri: integrasi tanaman pangan, tanaman keras, dan pengelolaan lahan tanpa pembakaran
- Fasilitasi pengembangan ekowisata berbasis komunitas: pelatihan pemandu lokal, manajemen pengunjung, dan mekanisme distribusi manfaat yang adil
- Pendampingan sertifikasi produk ramah ekosistem (perikanan, madu hutan, rotan, dan sejenisnya) untuk akses ke pasar yang lebih adil

Sekolah Adiwiyata
Adaptasi dan ketahanan iklim di tingkat komunitas. Implementasi kegiatannya seperti:
- Fasilitasi pemetaan risiko iklim secara partisipatif: identifikasi ancaman banjir, kekeringan, abrasi, dan kenaikan permukaan laut yang relevan di masing-masing lokasi
- Pendampingan penyusunan rencana adaptasi komunitas berbasis peta risiko yang telah disepakati bersama
- Pelatihan diversifikasi penghidupan sebagai strategi ketahanan terhadap perubahan iklim — tidak bergantung pada satu sumber pendapatan
- Fasilitasi penerapan praktik tahan iklim: pertanian konservasi, pengelolaan air hujan, penggunaan varietas tanaman yang lebih adaptif

Workshop Berkebun_SD Barunawati III
Integrasi pengetahuan lokal dan ilmiah dalam pengelolaan sumber daya alam. Implementasi kegiatannya seperti:
- Fasilitasi dokumentasi pengetahuan ekologi lokal (traditional ecological knowledge) dari komunitas adat dan petani/nelayan senior
- Pendampingan komunitas dalam membaca dan menggunakan data ilmiah (cuaca, curah hujan, kesehatan ekosistem) dalam pengambilan keputusan sehari-hari
- Kolaborasi dengan lembaga riset dan perguruan tinggi dalam penelitian berbasis komunitas (community-based research) yang hasilnya kembali ke komunitas
- Fasilitasi dialog antara pengetahuan lokal dan ilmu pengetahuan formal untuk desain program restorasi yang lebih kontekstual dan efektif